L'impartialité de l'ancienne Commission de Recours des Réfugiés était remise en cause puisque, d'un point de vue budgétaire et administratif, elle restait dépendante de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides (dépendant lui-même du Ministère des affaires étrangères). Les rapporteurs de la Commission appartenaient au même corps de fonctionnaires que les officiers de protection de l'Office.

Afin de garantir son indépendance vis-à-vis de l'administration dont elle contrôle les décisions (l'OFPRA), le décret nº 2008-1481 du 30 décembre 2008 prévoit désormais le principe de la nomination du secrétaire général par le vice-président du Conseil d’État et l’indépendance de la Cour vis-à-vis de l’Office français de protection des réfugiés et apatrides sur un chapitre financier et matériel (C. étrangers, art. R. 732-1 suiv.).

Pour une présentation du décret : Voir Forum Réfugié